年度医疗费超过一定金额（原则上 10 万日元）时，超出部分可从所得中扣除的制度。不仅本人，与本人生计相同的家庭成员的医疗费也可合算，就医交通费和处方药费用也在对象范围内。需要确定申报，但在发生高额医疗费的年份可带来显著的节税效果。
医疗费扣除的对象范围与计算方法
医疗费扣除的对象是以治疗为目的的医疗费。具体包括医院的诊疗费和住院费、处方药费用、就医的公共交通费、牙科治疗费（含自费诊疗）、分娩费用等。而美容整形、健康体检（未发现异常时）、预防接种、保健品购买费不在对象范围内。
扣除额的计算公式为"（年度医疗费 - 保险金等补偿金额）- 10 万日元（或总所得金额的 5% 取较低者）"，扣除上限为 200 万日元。例如年度医疗费 30 万日元、保险补偿 5 万日元时，扣除额为 30 万 - 5 万 - 10 万 = 15 万日元。所得税率 20% 的人可节税 3 万日元，加上住民税 10% 合计节税 4.5 万日元。总所得不足 200 万日元时基准为总所得的 5% 而非 10 万日元，因此兼职人员或养老金领取者即使医疗费较少也容易享受扣除。
确保获得医疗费扣除的记录管理
申请医疗费扣除需要制作医疗费明细表。从 2017 年度确定申报起无需提交收据，但有 5 年的保管义务。利用健康保险组合寄来的"医疗费通知"可以大幅简化明细表的制作。但医疗费通知中未记载的自费诊疗和交通费需要另行记录。
实务技巧是，将全家的医疗费汇总由收入最高的人统一申报，可以最大化节税效果。由于所得税是累进税制，税率高的人享受扣除的节税额更大。此外，将牙科治疗或体检（发现异常时）集中在年末以超过 10 万日元基准的策略也是可行的。由于与自我药疗税制是选择适用关系，应比较哪个更有利后再决定申报方式。