在计算应税所得时，从总所得金额中扣减一定金额的扣除方式。包括基础扣除、配偶扣除、社会保险费扣除、人寿保险费扣除等 15 种，承担着将纳税人的个人情况反映到税负中的角色。扣除额越大应税所得越低，纳税额也随之减少。
所得扣除 15 种的全貌与优先级
所得扣除共 15 种，大致分为"人的扣除"和"物的扣除"。人的扣除基于纳税人本人及家庭成员的状况，包括基础扣除（48 万日元）、配偶扣除（最高 38 万日元）、抚养扣除（38 万至 63 万日元）、残障者扣除等。物的扣除基于支出，包括社会保险费扣除、人寿保险费扣除（最高 12 万日元）、地震保险费扣除（最高 5 万日元）、医疗费扣除、捐赠金扣除（含故乡纳税）等。
要最大化节税效果，首先社会保险费扣除和基础扣除会自动适用，无需特别关注。其次，人寿保险费扣除和地震保险费扣除在年末调整时申报即可适用。容易被忽视的是医疗费扣除和自我药疗税制，这些需要确定申报。年度医疗费超过 10 万日元时应考虑医疗费扣除，非处方药购买额超过 1.2 万日元时应考虑自我药疗税制。
确保所得扣除无遗漏的实务检查清单
上班族的情况下，大多数所得扣除在年末调整中处理，但医疗费扣除、捐赠金扣除、灾害损失扣除只能通过确定申报适用。年末调整提交材料时如果忘记附上人寿保险费扣除证明或住房贷款年末余额证明，就无法享受扣除，因此建议从 10 月起将陆续收到的证明文件统一归档保管。
iDeCo（个人型确定拠出年金）的缴费作为"小规模企业共济等缴费扣除"全额纳入所得扣除。上班族在年末调整中适用，个体经营者在确定申报中适用。年缴费上限上班族为 14.4 万至 27.6 万日元，个体经营者为 81.6 万日元。所得税率 20% 的人年缴 27.6 万日元，所得税和住民税合计可节税约 8.3 万日元。扣除的遗漏意味着"在缴纳本不需要缴纳的税金"，应养成每年检查的习惯。