从计算出的税额中直接扣减一定金额的扣除方式。与所得扣除减少应税所得不同，税额扣除直接减少应缴税金，因此同等扣除额下节税效果更大。住房贷款扣除和故乡纳税的住民税扣除属于此类。
正确理解税额扣除与所得扣除的区别
税额扣除与所得扣除名称相似，但节税效果的机制根本不同。所得扣除是从应税所得中扣减一定金额，实际节税额为"扣除额 × 税率"。例如所得扣除 10 万日元、税率 20% 时节税额为 2 万日元。而税额扣除是从已计算的税额中直接扣减，扣除额即为节税额。税额扣除 10 万日元，无论税率多少都能节税 10 万日元。
这一差异对高收入者和低收入者的影响不同。所得扣除对税率高的人节税效果更大，因此有利于高收入者。税额扣除无论收入水平如何效果一致，不易产生因收入差异导致的不公平。从政策角度越来越多地采用税额扣除，正是基于这一公平性考量。
代表性税额扣除制度与实务应用
日本税制中代表性的税额扣除包括住房贷款扣除（住宅借入金等特别扣除）、股息扣除、外国税额扣除。住房贷款扣除是年末贷款余额的 0.7% 最长 13 年从所得税中扣除的制度，扣除不完的部分还可从住民税中部分扣除。故乡纳税的住民税特例扣除也是税额扣除的一种，与所得税的捐赠金扣除（所得扣除）合并形成双重扣除。
实务上需注意的是，税额扣除有适用顺序。住房贷款扣除与故乡纳税并用时，住房贷款扣除先行适用，因此所得税中扣除不完的住房贷款扣除部分会转入住民税，可能挤压故乡纳税的扣除额度。要同时最大化利用两者，事先通过模拟器准确把握扣除上限额不可或缺。