利用住房贷款购买或改建自住房时，年末贷款余额的一定比例可从所得税中扣除的制度。正式名称为"住宅借入金等特别扣除"。2022 年税制改革后扣除率为 0.7%，新建住宅的扣除期限最长 13 年。是从税制层面支持住房购置的最大级别优惠措施。
住房贷款扣除的适用条件与扣除额计算
住房贷款扣除的适用需满足多项条件。主要包括：贷款还款期限在 10 年以上、购置后 6 个月内入住并在年末仍居住、合计所得金额在 2,000 万日元以下、建筑面积在 50 平方米以上。二手住宅还需满足建筑年限要求（1982 年以后建造，或取得抗震标准合格证明）。
扣除额按"年末贷款余额 × 0.7%"计算。借入限额因住宅类型而异：认定长期优良住宅和认定低碳住宅为 5,000 万日元，ZEH 水准节能住宅为 4,500 万日元，节能标准合格住宅为 4,000 万日元，其他新建住宅为 3,000 万日元。例如年末余额 3,000 万日元时，扣除额为 21 万日元。所得税中扣除不完的部分可从住民税中最多扣除 9.75 万日元。
住房贷款扣除与故乡纳税的并用技巧
住房贷款扣除与故乡纳税可以并用，但不了解扣除的适用顺序可能会吃亏。住房贷款扣除作为税额扣除先从所得税中扣减，扣除不完的部分转入住民税。故乡纳税的扣除由所得税的捐赠金扣除（所得扣除）和住民税的税额扣除构成，因此当住房贷款扣除使所得税归零时，故乡纳税的所得税扣除部分的效益就会减弱。
实务对策是，利用一站式特例制度使故乡纳税的扣除全额从住民税中进行，从而将所得税的额度留给住房贷款扣除。但住房贷款扣除首年必须确定申报，因此不能使用一站式特例。首年在确定申报中一并申请故乡纳税，第 2 年起切换为一站式特例是最优策略。无论哪种情况，事先通过模拟器确认并用时的扣除上限额都不可或缺。