公司确定员工全年工资总额和各项扣除，对每月源泉征收预扣的所得税进行多退少补的手续。每年 11 至 12 月进行，大多数上班族通过此手续无需确定申报。人寿保险费扣除和住房贷款扣除（第 2 年起）也在此手续中适用。
年末调整中适用的扣除与必要文件
年末调整中可适用的主要扣除包括：基础扣除、配偶扣除和配偶特别扣除、抚养扣除、人寿保险费扣除、地震保险费扣除、社会保险费扣除、小规模企业共济等缴费扣除（含 iDeCo）、住房贷款扣除（第 2 年起）。要享受这些扣除，需填写并提交公司发放的"工资所得者抚养扣除等（变动）申报书""工资所得者保险费扣除申报书""工资所得者基础扣除申报书兼配偶扣除等申报书兼所得金额调整扣除申报书"3 种表格。
需要附上的证明文件包括：人寿保险费扣除证明、地震保险费扣除证明、国民年金保险费扣除证明（适用者）、iDeCo 缴费证明、住房贷款年末余额证明（第 2 年起）等。这些证明文件在 10 至 11 月陆续寄达，建议收到后立即归入年末调整专用文件夹。证明文件丢失时补发可能需要 2 至 3 周，因此需尽早处理。
年末调整与确定申报的搭配使用
年末调整无法处理的扣除包括：医疗费扣除、捐赠金扣除（故乡纳税的确定申报部分）、灾害损失扣除、住房贷款扣除首年。此外，年收入超过 2,000 万日元的人、从 2 处以上领取工资的人、副业所得超过 20 万日元的人仅靠年末调整无法完结，需要确定申报。
年末调整产生退税的情况很多。每月的源泉征收是在不考虑抚养亲属变动和保险费扣除的情况下概算预扣的，年末调整适用各项扣除后税额减少，差额在 12 月或 1 月的工资中加额退还。反之，年中抚养亲属减少或奖金较多时也可能追加征收。年末调整的结果反映在源泉征收票上，收到后应确认内容，检查是否有扣除遗漏。